PhD 1997 an der Universität Hannover. JSPS-Postdoktorand an der University of Electro-Communication in Tokio, Japan, und Postdoktorand an der University of Florida. In den folgenden Jahren war er als Forscher an der Universität von Florida und als Gastwissenschaftler am Goddard Space Flight Center der NASA tätig. Assistenzprofessor (2003), außerordentlichen Professor (2007). 2012 ordentlichen Professor am Institut für Hochenergiephysik und Astrophysik der University of Florida ernannt. Guido Müller ist Direktor und wissenschaftliches Mitglied am Max-Planck-Institut für Gravitationsphysik, Teilinstitut Hannover.